绵宁没有慌乱,命人立刻关闭四门,又让皇子绵恺守卫后宫、保护皇后。绵宁则带着刀箭和火枪,与贝勒绵志一起赶到养心殿抵抗敌人。正好碰上两名天理教教徒翻墙而入,绵宁拿起火枪击毙两名暴徒,贝勒绵志也打死了又一个翻墙而入的教徒。这才挡住了天理教教徒从养心殿攻入的计划。
申时,以礼亲王昭梿、庄亲王绵课、贝子奕绍等为首的在京王公大臣得知皇宫被人攻入后,纷纷带着家丁、杂役前来救援。火器营的官兵也来了,大家一起进入紫禁城内平乱。
战斗一直从十五日午时持续到十六日黄昏,在皇子、王公大臣、侍卫和官兵的共同努力下,天理教教徒的这次进攻被镇压下来。
十七日清晨,在回京路上的嘉庆帝下令八旗都统在各自辖区内捕捉逃犯。
十九日,嘉庆帝回到紫禁城,第一件事就是慰问那些拼死保护皇宫的士兵,然后颁发《遇变罪己诏》,当众检讨自己作为皇帝的失职,令大臣们感动不已。
之后,嘉庆帝亲自审理了林清等人,下令把这些叛乱的头目处死。并对有功人员进行褒奖,对失职渎职的官员做相应的处理。
在这次天理教暴乱中,攻入紫禁城的教徒有七十多名被擒毙,而清廷方面亦伤亡百余人。这次暴乱的规模虽然不大,但是对嘉庆皇帝的打击却是巨大的,他在临终前还告诫群臣,“永不忘十八年之变”。