“你一切的朋友，不分派别地、毫不犹豫地、异口同声地渴望你回来，为保留你的生命、你的母国、你的朋友、你的财产与你的荣誉，为享受这一个你曾热烈地希望的新时代。”
他的一番话让米开朗琪罗坚定了意念。幸而他回来了，——很慢的；因为到卢克奎地方去迎接他的巴蒂斯塔·德拉·帕拉等了他好久，以至开始绝望了。十一月二十日，米开朗琪罗终于回到了翡冷翠。二十三日，他的判罪状由执政官撤销了，但予以三年不得出席大会议的处分。
从此，米开朗琪罗勇敢地尽他的职守，直至终局。他重新去就圣米尼亚托的原职，在那里敌人们已轰炸了一个月了。他把山岗重新筑固，发明新的武器，把棉花与被褥覆蔽着钟楼，这样，那著名的建筑物才得免于难。人们所得到他在围城中的最后的活动，是一五三〇年二月二十二日的消息，说他爬在大寺的圆顶上，窥测敌人的行动和视察穹隆的情状。
可是预料的灾祸毕竟临到了。一五三〇年八月二日，马拉泰斯塔·巴利翁反叛了。十二日，翡冷翠投降了，城市交给了教皇的使者巴乔·瓦洛里。于是杀戮开始了。最初几天，什么也阻止不了战胜者的报复行为；米开朗琪罗最好的友人——巴蒂斯塔·德拉·帕拉——最先被杀。据说，米开朗琪罗藏在阿尔诺河对岸圣尼科洛教堂的钟楼里。他确有恐惧的理由：谣言说他曾欲毁掉梅迪契宫邸。但克雷芒七世并没有丧失对于他的感情。据皮翁博说，教皇知道了米开朗琪罗在围城时的情形后，表示非常不快，但只耸耸肩说：“米开朗琪罗不该如此，我从没伤害过他。”当最初的怒气消降的时候，克雷芒立刻写信到翡冷翠，他命人寻访米开朗琪罗，并言如他仍愿继续为梅迪契墓工作，他将得到他应受的待遇。