坚持独立人格，从20世纪初到20世纪末，像一条红线贯穿于北京大学的历史进程之中，这才是最具特色的、其他高校没有或少有的“北大真精神”。
自由之思想，包括思想自由、学术自由和言论自由，其中最难能可贵的是思想自由。自由的传统，也是从蔡元培掌校后逐渐形成的。
蔡元培在《我在教育界之经验》一文中阐明了他的办学思想：“我对于各家学说，依各国大学通例，循思想自由之原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，亦听他们自由发展。”
1918年11月，他又在《北京大学月刊发刊词》中，对“思想自由，兼容并包”的办学方针作了进一步的阐述：“大学者，囊括大典，网罗众家之学府也。《礼记·中庸》曰：‘万物并育而不相害，道并行而不相悖。’足以形容之。各国大学，哲学之唯心论与唯物论，文学美术之理想派与写实派，计学(即经济学)之干涉与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学之所以为大也。吾国承数千年学术专制之积习，常好以见闻所及，持一孔之论。吾校兼容并收之主义，而不致以一道同风之旧见相绳矣。”