一年后，赵子昂被任命为兵部郎中。当时驿站归兵部管，负责供应来往使臣的食宿。而那些使臣奢侈浪费，驿站无法满足他们的要求，只好用强制手段向老百姓索要，搞得民怨沸腾。赵子昂针对这一现状向中书省申请增加驿站的经费，减轻了百姓的负担。元朝发行了很多纸币，由于种种原因发行遇到了困难。忽必烈派赵子昂去江南责问当地官员为何怠慢政令，授予他可以拷打官员的权力。赵子昂顺利完成了任务，没有拷打一个人。
忽必烈非常宠爱赵子昂，有一次，赵子昂在皇宫围墙外面行走的时候，由于道路狭窄，不小心掉进了河里。忽必烈知道这事后下令把围墙往里面移了两丈，以防赵子昂再掉进河里。赵子昂为官清廉，虽然官做得很大，但还是很穷，忽必烈下令赐给他五十锭钱贴补家用。
忽必烈有一次问赵子昂他觉得叶李和留梦炎两个人谁优谁劣。赵子昂回答道：“留梦炎是我父亲的朋友，他为人忠厚守信，能谋善断，有大臣的器量。叶李读过的书我也读过，他和我差不多。”忽必烈说：“那你就认为留梦炎比叶李好了？留梦炎当初是宋朝的状元，一直当到了丞相一职。贾似道当权的时候，留梦炎不光不规劝，反而曲意讨好贾似道。叶李当初是个老百姓，却敢冒死向皇帝上书。我看叶李比留梦炎强，我知道你是因为留梦炎是你父亲的朋友，所以不敢说他的不是，但你可以写诗讥讽嘛。”