在英国支持下，共和国内部的一些右翼力量和不坚定分子酝酿着另一场反政府的政变，以求结束战争。1939年3月3日，海军基地卡塔赫纳首先发生武装叛乱。接着，3月5日，首都马德里发生军事政变，由中央战区司令卡萨多和马德里城防司令米亚哈以及右翼社会党人贝斯泰罗等组成“国防委员会”，宣布接管了政权。内格林逃往法国。“国防委员会”的委员们在屠杀了大批共产党员和抗战派之后于3月18日向佛朗哥乞降，要求得到所谓“光荣而公正的和平”。3月28日，他们终于打开马德里的大门，迎进了佛朗哥军队，然后，乘一艘英国军舰溜走了。
延续两年零八个月的西班牙内战，终于以佛朗哥的胜利和共和国的失败而结束。据统计，在这场战争中，约有70万人死于战场，3万人遭枪决或杀害，1.5万人死于空袭。佛朗哥进入马德里之后，于1939年4月1日发布通告，正式宣布“战争结束了”。此后，佛朗哥在西班牙建立了长达36年之久的独裁统治。
点评：
这次政变和战乱是20世纪30年代西班牙政局中左、右翼力量反复斗争，西班牙社会矛盾激化的总爆发，也是国际法西斯军队和绥靖国干涉、绥靖的典型案例。这次政变和战乱以西班牙共和国失败、佛朗哥的胜利而告终结。失败最重要原因是由于德、意的武装干涉和英、法的“不干涉”以及由此造成的敌我力量对比悬殊所致。其次，西班牙共和国政府在政策战略上的一些失误也帮了佛朗哥的忙，如：迟迟不建立正规军；政令和军令长时间不能统一；各党派各自建军，各自为战，没有协调指挥；战略上只重视正规的阵地战，不敢发动人民进行游击战以配合。西班牙共产党无疑在推动人民阵线建立上以及随后在施政、进行社会改革、组织人民参加抗战、建立正规军各方面都起了重要的作用，立下不可磨灭的功勋，可遗憾的是，始终没有掌握人民阵线的领导权，致使共产党提出的一些正确主张难以贯彻，使共和国在政治上军事上继续遭受损害。