武则天听了徐有功的话，立即有所醒悟，也感到多年以来执法过于严酷，杀人确实过多，因此沉默了好久没有说话。后来，庞氏免去死刑，流放到岭南地区，徐有功被除名，贬为庶人。
不久，徐有功又被起用，任左司郎中，后又升任司刑少卿。徐有功对亲近的人说：“现在身为大理司刑少卿，手中掌握的案件都关系着人命，一定不能不顾实情而顺从皇上的旨意，以诡辩之辞苟且保全性命，苟且保全官职。”所以前后任刑官，而谏阻被错判死刑之人的判决执行，即使有时三次经朝议判定死刑，徐有功仍坚持谏阻，不屈不挠。因此，酷吏的暴虐之行稍有些收敛，当时的人们把徐有功比作汉朝秉公执法刚正不阿的于定国、张释之。人们都说：“若审案的官员都像徐有功这样，哪里还会有冤案呢？”
过了很久，徐有功又调任司仆少卿。长安二年（公元702年），徐有功去世，终年六十二岁，追赠司刑卿。中宗即位，降旨褒奖徐有功道：“忠正之臣，自古所尚；褒赠之典，归章所重。已故大理卿徐有功，节操贞劲，心怀耿直，徇古人之志业，实一代之贤良，掌握刑典，深存敬慎。周兴、来俊臣等人，性极残酷，务在杀戮，不顺其情，立加诬陷，徐有功卓然守法，虽死不移，无屈挠之心，有忠烈之议。由他所断之案，都得到平反，即使汉朝的于定国、张释之，又哪里能超过他啊！我重新执政，追念他生前的事迹，其人已殁，他的品德值得称赞。追赠徐有功为越州刺史，并遣使者就其家吊祭，赐丝绸百匹，授予他的儿子官职，以资褒奖。”