李鸿章做的另外一件大事就是征集军饷，其实，曾国藩极力地举荐李鸿章到上海援助，有着他自己的计划。曾国藩除了最基本的军事和政治目的外，其实最需要的是上海的税收能够为湘军带来好处。自从五口通商之后，上海的海关税收虽然为国家创造了一定的收入，但是依然入不敷出。李鸿章面临这个棘手的问题，采取了海关厘税分收分用的政策。“常胜军”、湘军、淮军等费用都来自税收和厘金，并且当时上海的厘金收取率是全国最高的。在李鸿章的妥善安排下，已经基本上解决了淮军的军饷问题，并且还以金钱和物资的方式支援了湘军在西线战场上的作战。
但是，曾国藩并不满足，他希望李鸿章能够为其提供更多的军饷。而此时的李鸿章，已经不是几年前那个容易发脾气或者负气出走的年轻人了，他对于曾国藩推举自己担任江苏巡抚一职始终心存感激，因此他努力地做好曾国藩交代的事情。在半年的时间里，他就为曾国藩筹集了9万两饷银，并且还为曾氏兄弟的军需设备提供了保障。
李鸿章出于策略的需要，不得不任用一些声名狼藉的人物帮他做事，比如金鸿保，由于这个人同地方上的各种要人都有着广泛的关系，因此被李鸿章予以重用。李鸿章需要这些关系来维持和壮大自己的势力，而且只有这样才能在江苏立于不败之地。