但是，洋务新政也有它的局限性。如果把洋务新政的开展与稍晚些时候日本进行的明治维新相比较，这种局限性就更明显了。这种局限性主要表现在它不是由朝廷统一部署的在全国推行的运动，而是由部分中央的和地方的大臣经朝廷同意而推动的运动，守旧的、保守的、反对的势力很大，很普遍，难以取得明治维新那样的效果；官办或者官督商办的办企业模式，在推动中国早期现代化方面也起过一定作用，但对民间企业家的发展却起到了很大的约束作用，与日本明治政府主动提倡、推动民间企业的发展大不相同，因此成效差异很大；由地方督抚大员推动的官办或者官督商办企业，形成了相关地方权力的物质基础，这种基础与军事权力相结合，为此后地方割据势力的形成埋下了伏笔。由于以上的原因，这场运动反而在一定程度上延缓了中国近代工业的发展速度，延缓了中国早期现代化的进程，丧失了许多发展的机会。甲午战败表明，中国由地方官员推动的洋务新政大大落后于日本明治政府推动的改革、维新运动。而且洋务新政所涉及的“御外侮”的目标完全未能达到。从这个角度说，甲午战争的结果标志着洋务新政的失败，是有道理的。中央政府不能主动转变观念和提出措施，是甲午战争前后30年间丧失许多发展机会的基本原因，也是洋务新政与明治维新效果大相差异的基本原因，当然也是中国早期现代化迟滞的基本原因。